時は信長亡き後、秀吉が天下人となった安土桃山時代。出雲大社の御札売りから始まった阿国一座の念仏踊りは、四条河原で人気を博す。阿国の夫、鼓師三九郎の才覚で、やがて淀君の前で踊るまでになる。しかし、加茂川の洪水で河原の小屋が流されてしまう。だが政商末吉勘兵衛の後ろだてで小屋を再建する。猿若座の道化方だった伝介が一座に加わると、男姿の阿国と女装した伝介の滑稽な踊りが人気を呼び、舞台はいっそう活気を帯びる。しかし、河原に集まる庶民の前で踊りたい阿国と、貴人や富豪に取り入ろうとする三九郎との間には、心の隔たりが……。

阿国を慕って出雲から出てきたお菊が加わり、舞台がさらに芝居仕立てになり、一層華やぎ、阿国歌舞伎と呼ばれるようになる。一方で遊女歌舞伎が盛んになり、阿国一座を脅かす。三九郎の心はお菊に移り、阿国一座にも見切りをつけ、四条河原の小屋を勝手に売り払い、二人は江戸へと去っていく。勢いをましてきた遊女歌舞伎に押される一座。阿国に恨みを抱く九蔵の策謀で踊り手も囃子方も一人二人と引き抜かれ、あげく都からの追放を命じられる。胸を病んでいた伝介は、必死に一座を守ろうとして血を吐いてしまう。

阿国は、しかたなく伝介らを連れて、出雲へと帰っていく。幼なじみのお加賀の草庵に身を寄せた阿国は、故郷の人々の、斐伊川の洪水による災難を知って、鑪（たたら）の長、田部荘兵衛の前で天下一の踊りを見せ、洪水のもとになる鑪の砂止め工事を願い出るのだった。