長崎で蘭学を学び江戸に戻ってきた若き医師　保本登。彼には幕府お目見医の席が用意されているはずだった。それをいきなり、登は貧民のための施療所である小石川養生所に呼び出される。医長の”赤ひげ”こと新出去定（にいできょじょう）は、有無を言わさず住み込みの医員見習いを彼に命じるのだった。

登は、遊学中に自分を裏切った婚約者の父親である天野源伯と赤ひげが仕組んだワナだと、反抗的態度でのぞむ。診察もせずに酒浸り毎日…。しかし「なんとしても患者を守る、あくまで病いと闘う、貧しさのために他の医者にかかれない病人を治療し続けなければならない。なんとしてもだ」という赤ひげの、赤貧の人たちに対する治療ぶり、真摯な生き方を見るうちに、登の閉ざされた心は徐々に開かれていく。

あやめ、彼岸花、菊と季節は移り、それぞれの過去を背負う人たちの怒りと孤独、愛と別れ、笑いと涙、生と死が織りなす人間模様の中で、登が選んだ生き方とは─そして医療のあり方とは─。